Lambang Ma’had Aly Makkah memiliki ciri-ciri sebagai berikut:
Bentuk : Lingkar Bunga
Ukuran : Sesuai penempatan dan kegunaannya dengan perbandingan 2:2
Warna :
-> Biru di bagian bunga dan lingkaran
-> Biru Muda dibagian globe
-> Hijau di bagian kelopak kapas
-> Kuning di bagian padi, Putih di bagian lembar buku dan kapas
Makna:
-> 12 Bunga Melingkar:
Menunjukkan identitas Ma’had Aly Makkah mencerminkan nilai-nilai lima rukun Islam, enam rukun Iman dan satu rukun Ihsan dalam setiap gerak, berfikir dan karakternya.
-> Buku dengan Tulisan Al Qur’an dan As Sunnah:
Menunjukkan bahwasanya Ma’had Aly Makkah berjalan berdasarkan nilai-nilai yang terkandung dalam Al Qur’an dan As Sunnah, serta mempelajari keduanya sebagai bentuk usaha nyata menjadi cendekiawan berakidah lurus (ahlu sunnah wa jamaah).
-> Padi dan Kapas:
Menunjukkan tentang unsur kemakmuran dan kesejahteraan, bahwa Ma’had Aly Makkah ada untuk memberikan kemakmuran dan kesejahteraan di tengah masyarakat dengan ilmu agama.
-> Ka’bah:
Menunjukkan eksistensi Ma’had Aly Makkah sebagai suatu lembaga yang berkiblat pada Negri Makkah yang menjadi pusat ilmu agama.
-> Globe:
Menunjukkah bahwa dakwah yang dilakukan oleh Ma’had Aly Makkah mencangkup seluruh aspek dari komponen alam semesta.
-> Slogan “طلب العلم مع المخبرة إلى المقبرة”:
Menunjukkan akan semangat dan kemantapan jiwa untuk terus menuntut ilmu hingga tutup usia.
-> Warna Biru:
Menunjukkan nilai kepercayaan, kejujuran, kehandalan, tanggung jawab, dan loyalitas yang tinggi.
-> Warna Biru Muda:
Menujukkan unsur semangat, menyegarkan, dan sebagai sumber pemikiran positif inspiratif.
Makna secara keseluruhan:
“Ma’had Aly Makkah sebagai lembaga pendidikan ilmu syar’i dan bahasa arab selalu siap menjadi promotor, inspirator, pusat edukasi dan ujung tombak dakwah ditengah masyarakat dengan tetap membawa nilai-nilai akidah ahlu sunnah wa jamah serta mengikuti jejak para salafus shalih”